علاّمۀ طباطبائی فلسفۀ صدرالمتألّهین را بواقع نزدیکتر می‌یافتند. و خدمت او را بعالم علم و فلسفه بعلّت تکثیر مسائل فلسفه (که در این فلسفه، از دویست مسأله به هفتصد مسأله ارتقاء یافت) فوق العاده تقدیر می‌کردند.
و از اینکه صدرالمتألّهین تنها بدنبال مکتب مشّائین نرفته؛ و فلسفۀ فکری و ذهنی را با اشراق باطنی و شهود قلبی جمع کرده، و هردوی آنها را با شرع انور تطبیق نموده است بسیار تحسین می‌کردند.
صدرالمتألّهین در کتب خود از جمله «أسفار أربعه» و «مبدأ و معاد» و «عرشیّه» و بسیاری از رساله‌های دیگرش اثبات کرده است که بین شرع که حکایت از واقع می‌کند، و بین روش فکری، و شهود وجدانی تفاوتی نیست؛ و این سه منبع از یک سرچشمه مبدأ می‌گیرند، و هر یک دیگری را تأیید و تقویت می‌کند.
و این بزرگترین خدمتی است که این فیلسوف بعالَم وجدان و بعالم فلسفه
و بعالم شرع نموده است. و برای مستعدّینِ کمال، و قبول فیوضات ربّانیّه، همۀ راهها را باز، و دری را بروی آنان نبسته است.
گرچه اساس و ریشۀ این نظریّه در کلمات مُعلّم ثانی أبونَصر فارابی، و بوعلی سینا، و شیخ إشراق، و خواجه نصیرالدّین طوسی، وشمس الدین بن تُرکه نیز ملاحظه شده است؛ ولی آن کسیکه موفّق به انجام این مهمّ شد، که بدین طرز عالی و اسلوب بدیع این مقصد را بپایان برساند، خصوص این فیلسوفِ زنده‌دِل متشرّع عالیقدر است.
مرحوم استاد معتقد بودند که صدرالمتألّهین فلسفه را از اندراس و کهنگی بیرون آورد، و روح نوینی در آن بخشید، و جان تازه‌ای در او دمید؛ پس می‌توان او را زنده کنندۀ فلسفۀ اسلامیّه دانست.
و از اینها گذشته استاد ما نسبت بمقام زهد و بی‌اعتنائی بدنیا، و بروش ارتباط با خدا، و تصفیۀ باطن، و ریاضات شرعیّه، و انزوائی که صدرالمتألّهین داشت و در کهَک قم بتصفیۀ سرّ مشغول شد و طهارت نفس را اهمّ از هر چیز شمرد، بسیار ارزش قائل بوده و تحسین می‌نمودند.
و معتقد بودند که: غالب اشکالاتی که بر صدرالمتألّهین و فلسفۀ او می‌شود، ناشی از عدم فهم و عدم وصول ادراک بحاقّ مسائل اوست. گرچه خود ایشان نیز ببعضی از استدلالات او نظرهائی داشتند؛ ولی من‌حیث‌المجموع او را زنده کنندۀ فلسفۀ اسلامیّه، و از طراز فلاسفۀ درجۀ اوّل اسلام چون بوعلیّ و فارابی می‌شمردند؛ و خواجه نَصیرالدّین و بَهْمَنیار و ابن رُشد و ابن تُرکه را در ردیف فلاسفۀ درجۀ دوّم می‌دانستند.
استاد ما در مباحث وجود، به مسألۀ تشکیک وجود قائل بوده و وحدت عرفاء را نیز قبول داشته و آن را منافی با تشکیک نمی‌دانستند؛ بلکه درجه‌ای عالیتر و مقامی رفیع‌تر از تشکیک از نقطۀ نظر دیدگاه عارف می‌دانستند که با
وجود تشکیک، این وحدت پیدا می‌شد.
و در حوزۀ علمیّۀ قم دوره‌هائی از فلسفه چه «أسفار» و چه «شفاء» را تدریس نموده، و یگانه فیلسوف در عالم اسلام شمرده می‌شدند. و حتّی در سالیان اخیر یکدوره خارج فلسفه را برای بعضی از طلاّب خصوصی تدریس، و محصّل و نتیجۀ آنرا بصورت دو جلد کتاب «بدایةُ الحکمَة» و «نهایةُ الحکمَة» تهیّه و در معرض استفادۀ عموم قرار دادند.
در اینکه ایشان تنها متخصّص فلسفۀ شرق در تمام عالم بوده‌اند بین دوست و دشمن خلافی نیست.
گویند: آمریکا قبل از سی‌سال، ایشان را بهتر از آنچه ایرانیان شناختند شناخت؛ و برای آنکه علاّمه را به عنوان لزوم تدریس فلسفۀ شرق در آمریکا بدانجا برد، به شاه طاغوتی ایران (محمّد رضا) متوسّل شد، و شاه ایران از حضرت آیة الله العظمی بروجردیّ رضوانُ اللهِ علیه این مهمّ را خواستار شد، و آیة الله بروجردی هم پیغام شاه را بحضرت علاّمه رسانیدند؛ ولی علاّمه قبول نکردند.
عالی بود خسته نباشید